Epigrafička zbirka (zbirka natpisa) najstarija je zbirka u Arheološkome muzeju u Splitu, čuva natpise koji su pronađeni prije osnutka Muzeja. Prve natpise u Zbirci pronašli su splitski plemić Dmine (Dominik) Papalić (prijelaz 15. i 16. st.) i njegov prijatelj Marko Marulić (1450. - 1524.), otac hrvatske književnosti, šećući među ruševinama Salone. Natpisi su bili uzidani u dvorište Papalićeve palače. Marulić je spomenike popisao i zbirci dao naziv Papalićeva zbirka; tako je napravio prvi katalog, pod naslovom Inscriptiones Latinae antiquae Salonis repertae. Natpisi su u dvorište Papalićeve palače bili uzidani sve do 1885. godine, kada su izvađeni i preneseni u Arheološki muzej u Splitu, koji se tada nalazio u zgradi uz istočni zid Dioklecijanove palače. U atriju današnje muzejske zgrade izloženo je pet natpisa iz Papalićeve zbirke.
Splitski nadbiskup Pacifik Bizza (1696. - 1756.) osnovao je godine 1750. Museum Spalatinum archiepiscopale, u kojem su se također čuvali natpisi pronađeni u Saloni. Od 182 natpisa danas se u Arheološkome muzeju u Splitu čuva njih 35.
Danas se u Epigrafičkoj zbirci čuva više od šest tisuća natpisa, što je svrstava među najveće zbirke tog tipa u Europi. Većina natpisa je na latinskom jeziku, a manji broj ih je na grčkome. Najviše ih je iz Salone (Solina), a ostali su s drugih dalmatinskih lokaliteta.
Epigrafička je zbirka kao samostalna zbirka Arheološkog muzeja u Splitu ustrojena 1993. godine. Do tada je bila dio Antičkog odsjeka te potom Starokršćanske i epigrafičke zbirke.
Zbirka sadrži sljedeće kategorije natpisa: nadgrobni, počasni, posvetni i vojni, a tipovi spomenika na kojima se nalaze su: stele, cipusi, are, sarkofazi, arhitektonski ulomci i dr. Natpisi su izloženi u lapidariju, atriju i zgradi Muzeja u sklopu stalnog postava. Ostali su pohranjeni u depoima i stražnjem vrtu Muzeja.
Don Frane Bulić prvi je školovani epigrafičar u Arheološkome muzeju u Splitu. Započeo je s vođenjem inventarnih knjiga, pa je tako uveo i inv. knjige za natpise: A, BLitt., CLitt.. U njima je popisao svu natpisnu građu koju je zatekao u Muzeju i koja se nalazi in situ na lokalitetima u Saloni. Građa je u Muzej dospjela istraživanjima, otkupom i donacijama. S praksom objavljivanja natpisa nastavio je u muzejskom časopisu Bullettino di archeologia e storia Dalmata, poslije Vjesniku za arheologiju i historiju Dalmatinsku.
Nakon don Frane Bulića natpisima su se bavili Mihovil Abramić, Branimir Gabričević i Duje Rendić Miočević. Rendić Miočević bavio se uglavnom grčkim natpisima i ilirskom onomastikom. Objavio je i zbirku stare grčke i latinske epigrafske poezije s jadranskog područja nazvanu Carmina epigraphica. Emilio Marin bio je dugogodišnji kustos Epigrafičke zbirke. Zajedno s Noëlom Duvalom, sa Sveučilišta Paris IV - Sorbonne i École Française de Rome, pokrenuo je projekt objavljivanja zbirke kršćanskih natpisa. U projektu su sudjelovali i drugi stručnjaci na području ranokršćanske arheologije i epigrafije (Jean-Pierre Caillet, Denis Feissel, Nancy Gauthier, François Prévot). Nakon E. Marina kratko je vrijeme kustos Zbirke bio Mario Radaljac. Sadašnji kustos Epigrafičke zbirke je Nino Švonja.