Zbirka podvodne arheologije ustrojena je 60-tih godina zajedno s početkom podmorskih arheoloških istraživanja u srednjoj Dalmaciji. Stvarana je otkupom nalaza od krapanjskih spužvara, otkupima i poklonima građana, rekognosciranjem i iskopavanjem. Zbirka posjeduje olovne prečke sidara, amfore raznih tipova te veći broj različitog keramičkog posuđa s istraženih brodoloma kraj Vignja na Pelješcu, iz Vele Svitnje na otoku Visu, iz Palmižane pored Hvara, te ostatke brodske konstrukcije iz brodoloma kod Vignja.